澳大利亚国立大学共有七大学院：人文艺术和社会科学院(College of Arts and Social Sciences)、物理和数学科学院(College of Physical & Mathematical Sciences)、医学生物和环境学院(College of Medicine, Biology and Environment)、工商和经济学院(College of Business and Economics)、工程和计算机科学院(College of Engineering and Computer Science)、亚洲和太平洋学院(College of Asia and the Pacific)、法学院(College of Law)。学院底下设有研究院(Research Schools)，研究院除了进行学术研究外，也肩负研究生和大学生的教学。学院另行下辖的教学学院和院系(Schools)则以提供教学为主。有些学院还设有研究所/学会(Institute)和智库中心(University Centres)，如担任联邦政府智库角色，并专注于学术研究。